چشمه­های حوزه آبخیز پیرانشهر یکی از منابع مهم تامین منابع آب شرب و آبیاری اراضی کشاورزی است. به همین منظور، در این تحقیق تاثیر وضعیت سنگ­شناسی و فعالیت­های کشاورزی به عنوان مهم­ترین عوامل موثر بر کیفیت آب این چشمه­ها مورد ارزیابی قرار گرفته است. پس از ثبت موقعیت جغرافیایی 145 چشمه، نمونه­برداری آن­ها در تیر ماه 1391  انجام شد. مقدار پارامتر هدایت الکتریکی (EC) در محل نمونه­برداری و مقدار سایر پارامترها از جمله یون­های سدیم، کلسیم، منزیم، پتاسیم، کربنات، بی­کربنات، کلر و سولفات در آزمایشگاه اندازه­گیری گردید. پس از انجام تجزیه و تحلیل پارامتر­های کیفی نمونه­های آب، دیاگرام پایپر نشان داد که شش تیپ آب شامل Ca-HCO₃ ، Mg-HCO₃، Ca-SO₄،Mg-SO₄ ،Na-HCO₃  و Na-SO₄ از چشمه­های منطقه مورد مطالعه جاری است. برای بررسی تاثیر سنگ­شناسی (7 نوع جنس سنگ) و کاربری اراضی (2 نوع کاربری اراضی) بر کیفیت آب چشمه­ها، به ترتیب از آزمون­های آماری تجزیه واریانس (ANOVA) و t استفاده شد. نتایج تحلیل­های آماری نمونه آب چشمه­ها نشان داد که پارامترهای EC،TDS ،CO₃^2- ،HCO₃^- ،Cl^- ، Ca²⁺، Mg²⁺ و TH در سازندهای مختلف منطقه مورد مطالعه اختلاف معنی­داری دارند. درنهایت مقایسه میانگین پارامتر­های کیفی در سنگ­ها با آزمون دانکن صورت پذیرفت. همچنین کاربری اراضی فقط تاثیر معنی­داری بر پارامترهای CO₃^2-، Cl^- و K⁺ داشت. دیاگرام گیبس بر اساس نتایج آنالیز شیمیایی نشان داد که ساختار شیمیایی آب چشمه­ها تحت تاثیر سنگ­شناسی منطقه است. بنابراین در اولویت اول عامل سنگ­شناسی و در اولویت دوم عامل کاربری اراضی بر کیفیت آب چشمه­های حوزه آبخیز پیرانشهر تاثیر معنی­داری دارند.